Die Gemarkung Grüntegernbach wird von der Wasserscheide zwischen Isen (zum Inn) und Vils (zur Donau) durchzogen. Die Bäche im nordwestlichen Viertel fließen zur Großen Vils, die Bäche im Süden und Osten zur Isen.
Entspringt bei Urtlfing, fliesst südöstlich und vereinigt sich am südlichen Ortsrand von Grüntegernbach mit dem Tappberger Bächlein. Heute behält der Bach auf der ganzen Länge bis zur Mündung in die Isen seinen Namen (s.a. Tappberger Bächlein).
"Rettenbecker- auch Röttenbacher-Bächel, bey Babing, entsteht bey Granting, fliesst nordöstlich und bey Loiperstetten in den Kallinger-Bach." 1)
"Kallinger-Bächel, siehe Norlachinger-Bächel."
Und dort:
"Norlachinger- auch Kallinger-Bächel entsteht bey Kalling, fliesst östlich und bey
Ober-Babing in die grosse Vils." 1)
Entspringt bei Oberkorb und mündet bei Wies in das Wieser Bächlein.
"Wiesbach, (bey Steeg), auch Mühlmoosbach, entsteht bey Thal, östlich von
Loiperstetten fliesst südöstlich und bey Erb unweit Wörth in die Isen." 1)
Heute wechselt der Bach mehrfach seinen Namen, bzw. wird von anderen Bächen aufgenommen.
Entspringt bei Solling, fließt östlich und mündet südlich von Kumpfmühle in das Kneißlbächlein (Fortsetzung vom Wieser Bächlein).
Entspringt bei Englschalling, fließt östlich und mündet östlich von Elsenbach in den Kumpfmühler Bach.
"Grünbacher-Bach auch Kohlbach, entsteht bey Grünbach, fliesst südöstlich
und bey Leimbruck in die Isen." 1)
Der Bach heißt heute Kothbach und mündet bei Loinbruck.
"Tapberger-Bächl, entsteht bey Tapberg, fliesst südlich und bey Wasentegernbach in die Isen." 1)
(aber siehe Baderbächlein oben)
Die Karte mit dem Verlauf des Tappberger Bächls im Kopf dieser Seite stammt aus dem Topographischen Atlas vom Königreiche Baiern. 2)
Für einige Bäche habe ich in der genannten Quelle 1) keine Beschreibungen finden können. Verlauf und (soweit vorhanden) Namen habe ich aus dem Bayernatlas 3) entnommen. Das sind die folgenden: